Luis Fonsi sinh ra ở thủ đô San Juan, Puerto Rico. Anh là người con trai cả trong một gia đình có bốn anh chị em. Cha mẹ của nam ca sĩ là ông Alfonso Rodríguez và bà Delia "Tata" López-Cepero. Ba người em của anh lần lượt là: Jean Rodríguez (ca sĩ), Tatiana Rodríguez và Ramon do Salotti. Năm 1995, Luis theo học âm nhạc tại Đại học bang Florida, anh từng tham gia trình diễn trong dàn hợp xướng của trường, và sau này là trong dàn hợp xướng City of Birmingham Symphony Orchestra của Anh Quốc.[1]

Một khoảng thời gian không lâu sau đó, với những kinh nghiệm và kĩ năng âm nhạc gặt hái được, anh chính thức kí hợp đồng với hãng đĩa Universal Music Latin.